MARCADORES
Yr5
La roya amarilla es una de las enfermedades más agresivas del trigo pan a nivel mundial, el método preferido para controlar esta enfermedad es a través del uso de variedades resistentes. El gen Yr5 fue descripto en Triticum spelta var. album (Macer et al., 1963), dicho gen confiere resistencia a todas las razas de roya amarilla presentes en Argentina. El gen Yr5 esta localizado en el brazo largo del cromosoma 2B.
Discriminación de los alelos mediante el marcador KASP, se observan en color rojo los genotipos con el alelo resistente para Yr5, en azul se muestra el alelo susceptible para Yr5 y las cruces negras muestran el alelo YrSP también susceptible para roya amarilla. Las lecturas se realizaron en un equipo StepOnePlus™ de PCR en tiempo real.
El gen Yr5 recientemente fue clonado por Marchal et al. (2018) y muestra que es alélico al gen YrSP y parálogo al gen Yr7, ambos superados por varias razas del patógeno. El análisis de secuencia muestra que Yr5 pertenece a un complejo grupo de genes de resistencia en el cromsosoma 2B y que codifica una proteína de unión al ADN rica en repeticiones de leucina (NLRs) con un distintivo dominio BED zinc-finger N-terminal.
Marcador KASP
Primers:
Yr5_positive 5′ GAA GGT CGG AGT CAA CGG ATT GCG CCC CTT TTC GAA AAA ATA 3′
Yr5_Alternate 5′ GAA GGT GAC CAA GTT CAT GCT CTA GCA TCA AAC AAG CTA AAT A 3′
Yr5_Common 5′ ATG TCG AAA TAT TGC ATA ACA TGG 3′
Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:
[Assay Mix]
- Allele-1 primer (100 uM): 12 ul
- Allele-2 primer (100 uM): 12 ul
- Common primer (100 uM): 30 ul
-
H2O/ TrisHCl (10mM, pH8.3): 46 ul
- (total volume 100 ul)
[KASP reaction]
- DNA (20 – 40 ng/ul): 2 ul
- Assay Mix: 0.14 ul
- 2x Master Mix: 5 ul
-
H2O: 3 ul
- (total volume 10.14 ul)
Programa de PCR
Desnaturalización: 94 °C, 15 min (Hot-start activation); Touchdown (10 ciclos); 94 °C 20 seg, 61-55 °C 60 seg (bajando 0.6 °C por ciclo), Amplificación (36 ciclos); 94 °C 20 seg, 55 °C 60 seg , lectura de fluorescencia 25 °C por 30 seg.
Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.
*Al momento no se observó variabilidad en el germoplasma local, o bien no hay variedades comerciales que posean el gen descrito.
Referencias
- Macer, R. C. F. (19 al 24 de Agosto de 1963). The formal and monosomic genetic analysis of stripe rust (Puccinia striiformis) resistance in wheat [Resumen de presentación de la conferencia]. Second International Wheat Genetics Symposium, Lund, Suecia
-
Marchal, C., Zhang, J., Zhang, P., Fenwick, P., Steuernagel, B., Adamski, N. M., Boyd, L., McIntosh, R., Wulff, B. B. H., Berry, S., Lagudah, E., & Uauy, C. (2018). BED-domain-containing immune receptors confer diverse resistance spectra to yellow rust. Nature Plants, 4(9), 662–668. https://doi.org/10.1038/s41477-018-0236-4