MARCADORES
Ppd-B1
A diferencia de otros genes de fotoperíodo, en este caso el alelo insensible Ppd-B1a no está asociado a una mutación en el gen Ppd-B1 sino a un incremento en el número de copias funcionales en este gen (Diaz et al., 2012).
Díaz et al. (2012) describieron esta variación en el número de copias de Ppd-B1 y desarrollaron un marcador dominante que permite detectar la presencia de las tres copias del gen, presentes en el cultivar Sonora 64 mediante el seguimiento de mutaciones localizadas en las regiones intercopia de los genes. En Argentina es frecuente la presencia del alelo Ppd-B1a descrito en el cultivar Sonora 64 (Vanzetti et al., 2013; Gomez et al., 2014).
Los productos de PCR son visualizados en geles de agarosa al 2% teñidos con bromuro de etidio. La punta de flecha verde indica el fragmento de ADN de 223 pb perteneciente al alelo insensible Ppd-B1a (Sonora 64, calles 5 y 6). La falta de producto de tamaño esperado (calles 1 a 4) indica la presencia del alelo sensible ppd-B1. La punta de flecha negra señala el fragmento de 500 pb del marcador de peso molecular de 100 pb (Biodynamics).
Primers:
Marcador dominante para detectar la presencia de la variante alélica Ppd-B1a descripta en el cultivar Sonora 64
PpdB1_F31 5’ CCA GGC GAG TGA TTT ACA CA 3’
PpdB1_R36 5’ GGG CAC GTT AAC ACA CCT TT 3’
Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:
1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl2: 1.5 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl
Programa de PCR
Desnaturalización: 94 °C, 4 min; Amplificación (40 ciclos); 94 °C 45 seg, TD 65-61 °C 45 seg, 72 °C 45 seg; Extensión: 72 °C 15 min
Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.
i= alelo insensible; s = alelo sensible.
Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.
Referencias
- Díaz, A., Zikhali, M., Turner, A. S., Isaac, P., & Laurie, D. A. (2012). Copy Number Variation Affecting the Photoperiod-B1 and Vernalization-A1 Genes Is Associated with Altered Flowering Time in Wheat (Triticum aestivum). PLoS ONE, 7(3), e33234. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0033234
- Gomez, D., Vanzetti, L., Helguera, M., Lombardo, L., Fraschina, J., & Miralles, D. J. (2014). Effect of Vrn-1, Ppd-1 genes and earliness per se on heading time in Argentinean bread wheat cultivars. Field Crops Research, 158, 73–81. https://doi.org/10.1016/j.fcr.2013.12.023
- Vanzetti, L. S., Yerkovich, N., Chialvo, E., Lombardo, L., Vaschetto, L., & Helguera, M. (2013). Genetic structure of Argentinean hexaploid wheat germplasm. Genetics and Molecular Biology, 36(3), 391–399. https://doi.org/10.1590/s1415-47572013000300014