MARCADORES
Vrn-B1
Este marcador permite diferenciar las variantes alélicas primaverales y el alelo salvaje invernal proveniente de deleciones detectadas en el primer intrón del gen Vrn-B1 (Fu et al., 2004).
Para este gen se desarrollaron dos marcadores dominantes, donde cada uno de los marcadores amplifica una variante alélica (primaveral o invernal), en combinación estos marcadores permiten detectar de manera codominante la segregación del gen Vrn-B1 en una población.
El marcador Intr1/B/F-Intr1/B/R3 permite detectar la variante alélica dominante primaveral del gen Vrn-B1 causada por una deleción (6.850 pb) en el intrón 1 del gen, mientras que el marcador Intr1/B/F-Intr1/B/R4 permite detectar el alelo salvaje invernal del gen Vrn-B1 (Fu et al., 2005).
Los productos de PCR son visualizados en geles de agarosa al 2% teñidos con bromuro de etidio.
La falta de amplificación señala la presencia del alelo primaveral. En ambas figuras la punta de flecha negra señala el fragmento de 500 pb del marcador de peso molecular de 100 pb (Biodynamics).
Figura A: La punta de flecha verde marca el fragmento de ADN de 709 pb perteneciente al alelo primaveral Vrn-B1 (calles 3, 4, 6, 8 y 10). La ausencia de amplificación señala la presencia del alelo invernal. Figura B: La punta de flecha roja marca el fragmento de 1.149 pb perteneciente al alelo invernal Vrn-B1 (calles 1, 2, 5, 7 y 9).
Primers
Marcador dominante para detectar la presencia de deleción en el intrón 1 del gen Vrn-B1 (alelo primaveral)
Intr1/B/F: 5′- CAA GTG GAA CGG TTA GGA CA -3′
Intr1/B/R3: 5′- CTC ATG CCA AAA ATT GAA GAT GA -3′
Marcador dominante la ausencia de deleción en el intrón 1 del gen Vrn-B1 (alelo invernal)
Intr1/B/F: secuencia detallada arriba
Intr1/B/R4: 5′- CAA ATG AAA AGG AAT GAG AGC A -3′
Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:
1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl2: 1,5 mM; primers: 0,2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl
Programa de PCR
Desnaturalización: 94 °C, 4 min; Amplificación (40 ciclos); 94 °C 45 seg, TD 65-61 °C 45 seg, 72°C 45 seg; Extensión: 72 °C 15 min
Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.
s = alelo primaveral; w = alelo invernal.
Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.
Referencias
- Fu, D., Szűcs, P., Yan, L., Helguera, M., Skinner, J. S., von Zitzewitz, J., Hayes, P. M., & Dubcovsky, J. (2005). Large deletions within the first intron in VRN-1 are associated with spring growth habit in barley and wheat. Molecular Genetics and Genomics, 273(1), 54–65. https://doi.org/10.1007/s00438-004-1095-4