MARCADORES
Vrn-B1
Este marcador permite diferenciar las variantes alélicas primaverales y el alelo salvaje invernal proveniente de deleciones detectadas en el primer intrón del gen Vrn-B1 (Fu et al., 2004).
Para este gen se desarrollaron dos marcadores dominantes, donde cada uno de los marcadores amplifica una variante alélica (primaveral o invernal), en combinación estos marcadores permiten detectar de manera codominante la segregación del gen Vrn-B1 en una población.
El marcador Intr1/B/F-Intr1/B/R3 permite detectar la variante alélica dominante primaveral del gen Vrn-B1 causada por una deleción (6.850 pb) en el intrón 1 del gen, mientras que el marcador Intr1/B/F-Intr1/B/R4 permite detectar el alelo salvaje invernal del gen Vrn-B1 (Fu et al., 2005).
Los productos de PCR son visualizados en geles de agarosa al 2% teñidos con bromuro de etidio.
La falta de amplificación señala la presencia del alelo primaveral. En ambas figuras la punta de flecha negra señala el fragmento de 500 pb del marcador de peso molecular de 100 pb (Biodynamics).
Figura A: La punta de flecha verde marca el fragmento de ADN de 709 pb perteneciente al alelo primaveral Vrn-B1 (calles 3, 4, 6, 8 y 10). La ausencia de amplificación señala la presencia del alelo invernal. Figura B: La punta de flecha roja marca el fragmento de 1.149 pb perteneciente al alelo invernal Vrn-B1 (calles 1, 2, 5, 7 y 9).
Primers
Marcador dominante para detectar la presencia de deleción en el intrón 1 del gen Vrn-B1 (alelo primaveral)
Intr1/B/F: 5′- CAA GTG GAA CGG TTA GGA CA -3′
Intr1/B/R3: 5′- CTC ATG CCA AAA ATT GAA GAT GA -3′
Marcador dominante la ausencia de deleción en el intrón 1 del gen Vrn-B1 (alelo invernal)
Intr1/B/F: secuencia detallada arriba
Intr1/B/R4: 5′- CAA ATG AAA AGG AAT GAG AGC A -3′
Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:
1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl2: 1,5 mM; primers: 0,2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl
Programa de PCR
Desnaturalización: 94 °C, 4 min; Amplificación (40 ciclos); 94 °C 45 seg, TD 65-61 °C 45 seg, 72°C 45 seg; Extensión: 72 °C 15 min
Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.
| Vrn-B1 | Variedad |
|---|---|
|
w |
362, 365, ACA 308, ACA 906, BAGUETTE 10, BAGUETTE 17, BAGUETTE 19, BAGUETTE 21, BAGUETTE 31, BAGUETTE 450, BAGUETTE 501, BAGUETTE 620, BAGUETTE 750, BAGUETTE 9, BAGUETTE P. 11, BASILIO, BIOINTA 1002, BIOINTA 1003, BIOINTA 1004, BIOINTA 2004, BIOINTA 3003, BIOINTA 3004, BIOINTA 3005, BUCK AGP FAST, BUCK BAQUEANO, BUCK COLIHUE, BUCK CUMELEN, BUCK HUANCHEN, BUCK PACIFICO, BUCK PEREGRINO, BUCK PINGO, BUCK PRONTO, BUCK PUELCHE, BUCK TAITA, CEDRO, DM ALGARROBO, DM MAITEN, DM PEHUEN, DM THEMIX, FRESNO, GUAYABO, HO CARCARAÑA, INIA CHURRINCHE, INIA CONDOR, JACARANDA, KLEIN 100 AÑOS, KLEIN ATLAS, KLEIN BRUJO, KLEIN CAPRICORNIO, KLEIN CENTAURO, KLEIN CHAJA, KLEIN GLADIADOR, KLEIN LANZA, KLEIN PANTERA, KLEIN PROMETEO, KLEIN VALOR, KLEIN ZORRO, LAPACHO, LE 2333, LE 2341, LG PAMPERO, MARCOS JUAREZ INTA, MS INTA 119, MS INTA 415, MS INTA 617, MS INTA 816, MS INTA BON. 817, PROINTA ELITE, PROINTA ISLA VERDE, RAGT QUIRIKO, SRN NOGAL, SY 109, SY 120, SY 200, SY 200, SY 300, TIMBO |
|
s |
55CL, 915, 916, 920, ACA 201, ACA 202, ACA 223, ACA 320, ACA 360, ACA 602, ACA 604, ACA 608, ACA 801, ACA 901, ACA 903B, ACA 917, ALAMO, ALHAMBRA, BAGUETTE 18, BAGUETTE 30, BAGUETTE 550, BAGUETTE 680, BAGUETTE 802, BARLETTA 77, BIOCERES 1008, BIOINTA 1000, BIOINTA 1001, BIOINTA 1005, BIOINTA 1006, BIOINTA 2001, BUCK BRASIL, BUCK CAMBA, BUCK CHACARERO, BUCK DESTELLO, BUCK FULGOR, BUCK GUAPO, BUCK MALEVO, BUCK MANGRULLO, BUCK METEORO, BUCK MUTICIA, BUCK NORTEÑO, BUCK RESPLANDOR, BUCK SAETA, CEIBO, DM ALERCE, DM AREX, DM ATLAX, DM CRONOX, DM ONIX, DM SAUCE, GINGKO, HORNERO IS, INIA CENTINELA, INIA TORCAZA, KLEIN CACIQUE, KLEIN CARPINCHO, KLEIN CASTOR, KLEIN DONENRIQUE, KLEIN ESCORPION, KLEIN FAVORITO II, KLEIN GAVILAN, KLEIN GEMINIS, KLEIN GUERRERO, KLEIN IMPACTO, KLEIN LEON, KLEIN MINERVA, KLEIN NUTRIA, KLEIN POTRO, KLEIN PROTEO, KLEIN RAYO, KLEIN SELENIO CL, KLEIN TAURO, KLEIN TIGRE, KLEIN TITANIO CL, KLEIN YARARA, LE 2330, LE 2331, LE 2425, LG ARLASK, LG ZAINO, MS INTA 623 CL, MS INTA 815, OLAETA ARTILLERO, PROINTA GAUCHO, PROINTA GRANAR, PROINTA GUAZU, PROINTA OASIS, RELMO SIRIRI, SINVALOCHO, SY 100, SY 211, SY 330, TORDO IS |
s = alelo primaveral; w = alelo invernal.
Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.
Referencias
- Fu, D., Szűcs, P., Yan, L., Helguera, M., Skinner, J. S., von Zitzewitz, J., Hayes, P. M., & Dubcovsky, J. (2005). Large deletions within the first intron in VRN-1 are associated with spring growth habit in barley and wheat. Molecular Genetics and Genomics, 273(1), 54–65. https://doi.org/10.1007/s00438-004-1095-4