MARCADORES
Ppd-B1
A diferencia de otros genes de fotoperíodo, en este caso el alelo insensible Ppd-B1a no está asociado a una mutación en el gen Ppd-B1 sino a un incremento en el número de copias funcionales en este gen (Diaz et al., 2012).
Díaz et al. (2012) describieron esta variación en el número de copias de Ppd-B1 y desarrollaron un marcador dominante que permite detectar la presencia de las tres copias del gen, presentes en el cultivar Sonora 64 mediante el seguimiento de mutaciones localizadas en las regiones intercopia de los genes. En Argentina es frecuente la presencia del alelo Ppd-B1a descrito en el cultivar Sonora 64 (Vanzetti et al., 2013; Gomez et al., 2014).
Los productos de PCR son visualizados en geles de agarosa al 2% teñidos con bromuro de etidio. La punta de flecha verde indica el fragmento de ADN de 223 pb perteneciente al alelo insensible Ppd-B1a (Sonora 64, calles 5 y 6). La falta de producto de tamaño esperado (calles 1 a 4) indica la presencia del alelo sensible ppd-B1. La punta de flecha negra señala el fragmento de 500 pb del marcador de peso molecular de 100 pb (Biodynamics).
Primers:
Marcador dominante para detectar la presencia de la variante alélica Ppd-B1a descripta en el cultivar Sonora 64
PpdB1_F31 5’ CCA GGC GAG TGA TTT ACA CA 3’
PpdB1_R36 5’ GGG CAC GTT AAC ACA CCT TT 3’
Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:
1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl2: 1.5 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl
Programa de PCR
Desnaturalización: 94 °C, 4 min; Amplificación (40 ciclos); 94 °C 45 seg, TD 65-61 °C 45 seg, 72 °C 45 seg; Extensión: 72 °C 15 min
Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.
| Ppd-B1 | Variedad |
|---|---|
|
s |
362, 365, 920, ACA 201, ACA 202, ACA 223, ACA 308, ACA 320, ACA 360, ACA 602, ACA 608, ACA 801, ACA 901, ACA 906, ACA 907, ALAMO, ALHAMBRA, BAGUETTE 10, BAGUETTE 17, BAGUETTE 18, BAGUETTE 19, BAGUETTE 21, BAGUETTE 30, BAGUETTE 31, BAGUETTE 450, BAGUETTE 501, BAGUETTE 550, BAGUETTE 620, BAGUETTE 802, BAGUETTE 9, BAGUETTE P. 11, BARLETTA 77, BASILIO, BIOINTA 1001, BIOINTA 1003, BIOINTA 1005, BIOINTA 1006, BIOINTA 2001, BIOINTA 3004, BUCK 75 ANIVERSARIO, BUCK AGP FAST, BUCK BAQUEANO, BUCK BRASIL, BUCK CAMBA, BUCK COLIHUE, BUCK CUMELEN, BUCK DESTELLO, BUCK FULGOR, BUCK GUAPO, BUCK HUANCHEN, BUCK MALEVO, BUCK MANGRULLO, BUCK METEORO, BUCK MUTICIA, BUCK NAPOSTA, BUCK NORTEÑO, BUCK PACIFICO, BUCK PEREGRINO, BUCK PINGO, BUCK PUELCHE, BUCK RESPLANDOR, BUCK SAETA, BUCK TAITA, CEDRO, CEIBO, DM ALERCE, DM ALGARROBO, DM PEHUEN, DM SAUCE, FRESNO, GINGKO, INIA CENTINELA, INIA CONDOR, INIA TORCAZA, JACARANDA, KLEIN 100 AÑOS, KLEIN 32, KLEIN ATLAS, KLEIN BRUJO, KLEIN CACIQUE, KLEIN CAPRICORNIO, KLEIN CARPINCHO, KLEIN CASTOR, KLEIN CENTAURO, KLEIN CHAJA, KLEIN DONENRIQUE, KLEIN ESCORPION, KLEIN GAVILAN, KLEIN GEMINIS, KLEIN GLADIADOR, KLEIN GUERRERO, KLEIN IMPACTO, KLEIN LEON, KLEIN MINERVA, KLEIN NUTRIA, KLEIN PANTERA, KLEIN POTRO, KLEIN PROMETEO, KLEIN PROTEO, KLEIN RAYO, KLEIN SELENIO CL, KLEIN TAURO, KLEIN TIGRE, KLEIN TITANIO CL, KLEIN VALOR, KLEIN YARARA, KLEIN ZORRO, LAPACHO, LE 2330, LE 2331, LE 2341, MS INTA 415, MS INTA 617, MS INTA 815, MS INTA 816, OLAETA ARTILLERO, PROINTA ELITE, PROINTA GRANAR, PROINTA GUAZU, PROINTA ISLA VERDE, PROINTA OASIS, RAGT QUIRIKO, RELMO SIRIRI, SINVALOCHO, SRN NOGAL, SY 109, SY 120, SY 200, SY 300, SY 330, TORDO IS |
|
i |
55CL, 915, 916, ACA 604, ACA 903B, ACA 917, BAGUETTE 680, BAGUETTE 750, BIOCERES 1008, BIOINTA 1000, BIOINTA 1002, BIOINTA 1004, BIOINTA 2004, BIOINTA 3003, BIOINTA 3005, BUCK BIGUA, BUCK CHACARERO, BUCK PRONTO, BUCK RANQUEL, DM AREX, DM ATLAX, DM CRONOX, DM MAITEN, DM ONIX, DM THEMIX, DM ÑANDUBAY, GUAYABO, HO CARCARAÑA, HORNERO IS, INIA CHURRINCHE, KLEIN FAVORITO II, KLEIN RENDIDOR, LE 2333, LE 2425, LG ARLASK, LG PAMPERO, LG ZAINO, MARCOS JUAREZ INTA, MS INTA 119, MS INTA 623 CL, MS INTA BON. 817, PROINTA GAUCHO, SY 100, SY 200, SY 211, TIMBO |
s = alelo sensible; i= alelo insensible.
Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.
Referencias
- Díaz, A., Zikhali, M., Turner, A. S., Isaac, P., & Laurie, D. A. (2012). Copy Number Variation Affecting the Photoperiod-B1 and Vernalization-A1 Genes Is Associated with Altered Flowering Time in Wheat (Triticum aestivum). PLoS ONE, 7(3), e33234. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0033234
- Gomez, D., Vanzetti, L., Helguera, M., Lombardo, L., Fraschina, J., & Miralles, D. J. (2014). Effect of Vrn-1, Ppd-1 genes and earliness per se on heading time in Argentinean bread wheat cultivars. Field Crops Research, 158, 73–81. https://doi.org/10.1016/j.fcr.2013.12.023
- Vanzetti, L. S., Yerkovich, N., Chialvo, E., Lombardo, L., Vaschetto, L., & Helguera, M. (2013). Genetic structure of Argentinean hexaploid wheat germplasm. Genetics and Molecular Biology, 36(3), 391–399. https://doi.org/10.1590/s1415-47572013000300014