MAPEO GENÉTICO

MA 102 VARIEDADES ARGENTINAS

Esta pequeña población de mapeo por asociación se desarrolló originalmente para el estudio de caracteres asociados a la adaptación del cultivo y a componentes de rendimiento, los resultados mostrados en esta página son los obtenidos y publicados por Basile et al. (2019).

Información de la colección:

Un conjunto de 102 variedades de trigo pan descritos anteriormente (Vanzetti et al., 2013) que incluye variedades antiguas (como el cv. Barletta 77, en 1927) y cultivares comerciales recientes (hasta 2010) fueron seleccionados entre las principales empresas de mejoramiento de trigo en Argentina y utilizado para la construcción de bloques de haplotipos y análisis GWAS. Las semillas fueron obtenidas del Banco de Germoplasma de trigo de la Estación Experimental INTA Marcos Juárez.

Tipo de Población: Mapeo por Asociación.

Tamaño de la Población: 102 genotipos

Origen: EEA INTA Marcos Juarez. Responsable del proyecto Dr. Leonardo Vanzetti

Plataforma de genotipado: Axiom® 35K SNP Wheat Breeder’s Array (Affimetrix)

Esquema del cromosoma 1B donde se observa el alto DL provocado por la presencia de la translocación de centeno 1BL/1RS en alta frecuencia en el germoplasma argentino de trigo pan utilizado.

Figura 1: Análisis de la estructura de la colección de 102 cultivares de trigo hexaploides argentinos. El análisis de estructura mostró cuatro subpoblaciones hipotéticas representadas por diferentes colores.

Estructura de la población (Matriz Q)

la estructura genética en el nivel de población utilizando el software R STRUCTURE (François, 2016)

Análisis de haplotipos

La estructura del haplotipo basada en los marcadores SNP para cada cromosoma de trigo se evaluó utilizando el software Haploview 4.2. (Barrett et al., 2004). El software define bloques de haplotipos (HB) y proporciona el número de haplotipos y su longitud física (pb) para cada bloque. Los HB se convirtieron en una tabla usando un script de Python propio disponible en GitHub.

Análisis de asociación

Los análisis de GWAS se realizaron utilizando 4.516 haplotipos (provenientes de 1.268 HB) y 495 marcadores genéticos / SNP informativos anclados al genoma del trigo. Para los análisis se utilizó el método SUPER (Wang et al., 2014) implementados en el paquete R GAPIT (Lipka et al., 2012). Para reducir asociaciones espurias se utilizó en el modelo la estructura genética en la población (valores Q). A partir del GWAS para cada carácter, se seleccionó haplotipos / marcadores que fueron significativos (P < 0,05) en cuatro ambientes, con al menos un ambiente con diferencias altamente significativas (P < 0,001). Todos los haplotipos / marcadores que satisfacen estos criterios son presentados en la tabla que esta debajo.

Figura 2: Tamaños y posición de los bloques de haplotipos (HB) en cada cromosoma para la colección de trigo hexaploide argentino. Los HB rojos indican un tamaño > 30 Mb, los tamaños de HB naranjas entre 10 y 30 Mb y los tamaños de HB verdes <10 Mb.

Basado en la fórmula descrita en (Zhang et al., 2018), la probabilidad de que un haplotipo / marcador sea estadísticamente significativo por azar, simultáneamente para cuatro GWAS fue estimado en menos de 1,25E^-07 (0,05 x 0,05 x 0,05 x 0,001). Basado en este número, la probabilidad de al menos un error en los 5.011 haplotipos / SNP se estimó como 1 – (1 -1,25E^-07) 5.011 = 0,00063 (por carácter evaluado).

Caracteres fenotipados en la población hasta el momento y sobre los cuales se realizó la búsqueda de QTL

DE: Días de siembra a espigazón.

AP: Altura de planta.

FEm = Fertilidad de Espiga a madurez (granos/ gr chaff).

NGE: Número de granos por espiga (número).

PMG: Peso de mil Granos (g).

Resultados del análisis GWAS de la población

Carácter	Haplotipo/ SNP	Cromosoma	Inicio (Mb)	Fin (Mb)	Frecuencia (%)	Efecto sobre carácter	Alelo	SNP	Azul 2013	Azul 2014	Balcarce 2013	Balcarce 2014	Balcarce 2015	Marcos Juárez 2011	Marcos Juárez 2012	Marcos Juárez 2013	Marcos Juárez 2014	Marcos Juárez 2015	Marcos Juárez 2016	Colocalización	Referencia
FEm	B32-Hap4	1A	482,3	487	6	Aumenta	CCTTCTTAC	AX94938408, AX95024082, AX94644800, AX94507352, AX95120675, AX94448644, AX94997258, AX95629264, AX94757176	*	ns	*	*	**	-	ns	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B19-Hap3	2A	70,2	72,9	12	Aumenta	GTCG	AX94639168, AX95096480, AX94381449, AX94400797	*	ns	*	*	ns	-	**	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B23-Hap1	2A	83,8	84,5	52	Disminuye	AT	AX95631188, AX94466696	*	*	*	*	ns	-	*	ns	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B26-Hap3	2A	102	102,7	36	Aumenta	AAG	AX94880269, AX95164703, AX94669822	*	**	**	*	ns	-	ns	ns	ns	ns	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B30-Hap4	2A	165,8	182,1	7	Aumenta	TTCCGTCC	AX94774467, AX94576255, AX94849076, AX94692672, AX95115244, AX94448613, AX94724618, AX94577367	**	ns	*	*	ns	-	ns	*	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B49-Hap2	2A	704,8	705,8	15	Aumenta	GC	AX94720460, AX94399675	*	*	*	**	*	-	ns	ns	ns	ns	ns	NKS	Basile et al., 2019
FEm	AX94874921	2A	707,1	-	16	Aumenta	A	AX94874921	ns	ns	ns	ns	ns	-	**	ns	*	*	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B55-Hap1	2A	716,8	718,9	12	Aumenta	CAATC	AX95096362, AX94982819, AX94661746, AX94535413, AX94433820	*	***	**	*	*	-	ns	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B14-Hap4	3B	23	24	6	Aumenta	GGTC	AX94624219, AX95189982, AX94413646, AX94873710	ns	ns	**	*	*	-	**	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	AX94869767	4A	606,4	-	18	Aumenta	C	AX94869767	*	ns	*	*	ns	-	*	*	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B35-Hap3	4A	625,7	625,9	23	Aumenta	GT	AX94952227, AX94629424	**	*	**	*	*	-	ns	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B33-Hap4	5A	445,2	445,2	7	Aumenta	GC	AX95632187, AX94682497	**	*	*	*	ns	-	ns	ns	ns	ns	ns	PH	Basile et al., 2019
FEm	B43-Hap1	5A	476,4	476,7	15	Aumenta	GACCGCG	AX95132574, AX94876698, AX94638131, AX94983398, AX94955528, AX94430148, AX95114243	*	ns	*	*	ns	-	ns	**	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B24-Hap2	6A	205,1	233,3	17	Aumenta	TCAA	AX95141224, AX94593271, AX94493694, AX95652741	***	*	*	ns	ns	-	ns	ns	ns	ns	*	TKW	Basile et al., 2019
FEm	B28-Hap4	6A	448,7	454,6	9	Disminuye	GATC	AX95074798, AX94441458, AX95076677, AX94912807	*	*	*	**	*	-	*	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
FEm	B29-Hap2	6A	455,6	467	25	Aumenta	GATC	AX95074798, AX94441458, AX95076677, AX94912807	***	ns	*	*	ns	-	ns	ns	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
FEm	B36-Hap2	7A	119	126	10	Aumenta	CCGG	AX94410775, AX94436598, AX94578662, AX94404264	*	ns	*	**	*	-	ns	ns	ns	ns	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B5-Hap3	2D	17,6	18,2	7	Disminuye	TGA	AX94672889, AX94814880, AX95098966	*	*	ns	ns	ns	-	ns	ns	*	*	**	_	Basile et al., 2019
PMG	B12-Hap3	3A	46,7	52,6	5	Disminuye	CCGACACTCCTA	AX94494425, AX94947888, AX94946504, AX94660985, AX95252995, AX94429024, AX94567917, AX94954991, AX94994948, AX94713555, AX94821666, AX94718027	ns	*	ns	*	*	-	**	*	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
PMG	AX95257035	3A	686,8	-	11	Aumenta	T	AX95257035	ns	ns	ns	ns	ns	-	*	ns	***	**	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B111-Hap4	3B	817,4	817,8	11	Aumenta	CCCC	AX94758693, AX94799334, AX94401378, AX95131891	ns	ns	ns	*	ns	-	**	ns	*	*	ns	PH	Basile et al., 2019
PMG	AX94459169	6A	0,6	-	30	Aumenta	C	AX94459169	ns	**	*	ns	ns	-	ns	*	***	***	**	_	Basile et al., 2019
PMG	B20-Hap3	6A	63,8	74	21	Disminuye	TTCAGCGAGGGGTCTCGGA	AX94684858, AX94600197, AX95008689, AX95012251, AX94815030, AX94396601, AX94722330, AX94840852, AX95142812, AX95025823, AX95179502, AX94422265, AX94494618, AX94790181, AX94449290, AX94774196, AX95258743, AX95022356, AX95631090	ns	ns	*	ns	ns	-	ns	ns	*	**	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B21-Hap3	6A	74,5	101,3	20	Disminuye	TCATTTTCGTTGC	AX94664414, AX94961629, AX94640976, AX94395941, AX95246731, AX94683058, AX94977405, AX94942752, AX95256931, AX94490150, AX94795446, AX95145282, AX95012377	ns	ns	*	ns	ns	-	ns	ns	*	**	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B24-Hap2	6A	205,1	233,3	17	Disminuye	TCAA	AX95141224, AX94593271, AX94493694, AX95652741	ns	ns	**	ns	ns	-	*	ns	*	***	*	FE	Basile et al., 2019
PMG	B38-Hap3	7B	626,1	627,6	5	Aumenta	TG-TC	AX94754235, AX94843008, AX95171526, AX94419535, AX94746769	ns	***	**	ns	ns	-	ns	*	*	ns	**	_	Basile et al., 2019
PMG	B60-Hap2	7B	702,3	703,7	27	Aumenta	TT	AX94498540, AX94700055	ns	ns	ns	*	ns	-	*	*	**	*	*	_	Basile et al., 2019
PMG	B60-Hap3	7B	702,3	703,7	15	Aumenta	CT	AX94498540, AX94700055	ns	ns	*	ns	ns	-	*	*	**	**	**	_	Basile et al., 2019
NGE	B49-Hap2	2A	704,8	705,8	15	Aumenta	GC	AX94720460, AX94399675	*	ns	*	**	**	-	ns	ns	*	ns	ns	FE	Basile et al., 2019
NGE	B19-Hap5	4A	231	349,3	13	Aumenta	CACAGT	AX94392668, AX94728695, AX94606134, AX94394855, AX94661891, AX94482222	*	**	ns	ns	ns	-	**	*	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
DE	B76-Hap2	1B	643,1	645,7	35	Aumenta	TCT	AX94439319, AX94766122, AX95017951	*	**	ns	ns	ns	**	*	*	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
DE	B84-Hap3	1B	667,2	667,8	17	Disminuye	CGT	AX95199577, AX94689744, AX94803292	ns	ns	**	**	*	ns	*	*	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B89-Hap4	1B	676,8	678	6	Disminuye	-GG	AX94431388, AX94537816, AX94546627	ns	ns	*	**	*	*	*	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B40-Hap4	2B	162,9	166,9	10	Aumenta	TTTTGTATA	AX94622328, AX94450544, AX94655193, AX94755547, AX95213611, AX95081080, AX94499577, AX95007105, AX94589917	*	**	ns	ns	ns	ns	*	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B62-Hap1	2B	564,2	569	10	Aumenta	ACAAAA	AX95146301, AX94459397, AX95685439, AX94967288, AX95235626, AX94770158	*	**	ns	ns	ns	*	ns	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	Ppd-D1 sensitive	2D	34	-	42	Aumenta	sensitive	Ppd-D1	*	*	*	*	*	**	***	**	***	***	**	_	Basile et al., 2019
DE	B31-Hap1	3A	504,8	507,5	59	Disminuye	AGG	AX94818694, AX94989495, AX94664169	ns	ns	*	ns	*	**	*	*	*	*	*	_	Basile et al., 2019
DE	B49-Hap3	3A	631,2	633,1	12	Disminuye	GTA	AX94983266, AX94480950, AX94590370	**	ns	*	*	ns	*	*	ns	*	**	*	_	Basile et al., 2019
DE	B59-Hap3	3A	695,5	695,7	19	Aumenta	GA	AX94460524, AX94829707	ns	*	ns	ns	ns	**	*	**	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B60-Hap4	3A	699,4	700,6	10	Aumenta	GACG	AX95083017, AX94700391, AX94586183, AX95230073	ns	**	ns	ns	ns	**	*	***	**	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B7-Hap1	3D	518,2	560,1	54	Disminuye	CGCGAATATCTAGCCT	AX94918512, AX94838180, AX95014681, AX94749865, AX94643137, AX94629154, AX94462026, AX94508902, AX94762786, AX94401224, AX94804577, AX94505336, AX94524892, AX95078497, AX94475658, AX94965337	*	*	ns	ns	ns	*	*	**	*	*	*	_	Basile et al., 2019
DE	B75-Hap4	5B	597,2	601,4	11	Disminuye	TATGTTCGCTTCCG	AX94472448, AX94825873, AX95126299, AX94494539, AX94534515, AX94435670, AX94419463, AX94526460, AX94855957, AX95234715, AX95141741, AX95257158, AX94955787, AX95131986	*	ns	ns	ns	ns	*	*	ns	*	**	ns	_	Basile et al., 2019
DE	AX94610041	6A	13,8	-	46	_	A	AX94610041	*	*	**	*	*	**	ns	*	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
DE	B43-Hap1	6A	591,7	592,5	61	Disminuye	TGTACT	AX94439933, AX94621070, AX95152390, AX94499400, AX94765421, AX94750793	ns	**	ns	ns	ns	*	*	**	*	*	*	_	Basile et al., 2019
DE	B26-Hap3	6B	157,6	157,8	11	Aumenta	ACG	AX95231652, AX94976370, AX94918690	*	**	ns	ns	ns	ns	ns	ns	*	*	**	PH	Basile et al., 2019
DE	B24-Hap2	7A	68	70,2	8	Aumenta	CAAC	AX94880471, AX94952518, AX94923482, AX94915156	ns	ns	*	**	*	*	ns	**	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B38-Hap3	1A	508,6	510,4	16	Aumenta	CTAATTTG	AX95194961, AX94775918, AX94519549, Glu-A1_2*, Glu-A1_1, Glu-A1_null, AX94509092, AX95192108	*	**	ns	ns	ns	*	ns	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B17-Hap4	1B	121	124	5	Aumenta	C-TAACAC	AX94479105, AX94923277, AX95215734, AX94819793, AX95630584, AX95233201, AX95117274, AX94511623	*	*	*	**	*	***	*	*	*	*	**	_	Basile et al., 2019
AP	AX94510167	1B	548,7	-	21	Aumenta	C	AX94510167	ns	*	ns	**	*	**	ns	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B54-Hap1	1B	580,5	581,2	43	Disminuye	GAT	AX94417290, AX94963680, AX94858556	*	**	ns	*	*	*	ns	ns	***	***	ns	_	Basile et al., 2019
AP	Lr10	1D	8,6	-	10	Aumenta	TTA	Lr 10_362	*	*	**	ns	*	ns	*	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B5-Hap4	1D	11,6	11,9	19	Disminuye	TCG	AX95069958, AX94514240, AX95653181	*	**	ns	*	*	*	ns	*	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B10-Hap4	1D	31,1	32,5	10	Aumenta	TTGC	AX94450337, AX94886765, AX94603350, AX95235028	*	ns	***	*	ns	*	*	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B39-Hap1	2A	611,2	611,9	70	Disminuye	ACCG	AX94929514, AX95166962, AX95076860, AX95238815	**	ns	**	ns	ns	*	ns	*	ns	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	B48-Hap3	2A	701	702,1	15	Disminuye	TGAAT	AX94881363, AX94401392, AX94619928, AX94526179, AX94486441	*	***	*	ns	*	*	ns	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B56-Hap4	2B	469,2	476,6	6	Aumenta	C-	AX94917137, AX95133917	ns	*	**	*	ns	*	ns	*	ns	**	*	_	Basile et al., 2019
AP	B79-Hap3	2B	664,2	664,9	5	Aumenta	TA-	AX94950749, AX95199286, AX95069755	*	ns	**	*	ns	**	ns	*	ns	**	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX94687989	2B	702,2	-	52	Aumenta	T	AX94687989	ns	**	ns	ns	ns	ns	*	ns	**	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B97-Hap1	2B	719,5	719,5	38	Disminuye	CAT	AX94645156, AX94982580, AX94706037	ns	**	ns	ns	ns	ns	*	ns	**	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B114-Hap4	2B	762	763,9	8	Aumenta	C-AAA	AX94868242, AX94431230, AX95097760, AX95191464, AX94912106	**	*	*	ns	*	ns	ns	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	AX94585596	2B	776,4	-	15	Aumenta	C	AX94585596	*	**	ns	ns	*	**	*	*	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	AX94624485	2B	776,8	-	10	Aumenta	G	AX94624485	*	*	*	ns	ns	**	*	*	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B122-Hap3	2B	777,1	777,2	6	Aumenta	-A	AX94869081, AX94764862	*	*	*	ns	*	***	**	*	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B22-Hap2	3A	391,5	393,4	53	Aumenta	GC	AX94393045, AX94823297	*	*	ns	*	ns	*	**	*	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX95090222	3A	700,6	-	18	Aumenta	G	AX95090222	**	ns	ns	*	ns	ns	**	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	AX95083205	3A	743,9	-	46	Aumenta	C	AX95083205	**	*	ns	ns	*	ns	ns	*	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B6-Hap1	3B	164,4	170,8	65	Disminuye	TCACG	AX94415818, AX94512569, AX94586240, AX94707486, AX95629899	*	*	*	ns	*	ns	*	*	**	**	*	_	Basile et al., 2019
AP	B55-Hap4	3B	511,1	513,6	6	Disminuye	CCCTT	AX94541525, AX94453315, AX94990396, AX94853100, AX94547219	**	*	ns	ns	*	ns	ns	ns	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B60-Hap6	3B	541,5	544,5	5	Aumenta	GA-G-CC-T	AX95141130, AX95685009, AX94701179, AX95630480, AX94829564, AX94900436, AX94434519, AX94445502, AX94929428	*	ns	*	*	ns	**	*	*	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B109-Hap2	3B	796	799,1	9	Disminuye	CTGTTGACGATG	AX95681901, AX94724702, AX95085345, AX94613383, AX95229979, AX94460257, AX95630742, AX94991264, AX94967827, AX95210310, AX94528506, AX94512236	*	**	*	ns	ns	ns	ns	ns	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B111-Hap4	3B	817,4	817,8	11	Aumenta	CCCC	AX94758693, AX94799334, AX94401378, AX95131891	***	ns	*	*	**	***	*	**	*	*	*	TKW	Basile et al., 2019
AP	B57-Hap6	4A	738,7	739,7	9	Disminuye	ATTAG	AX94416122, AX95249633, AX95150738, AX95652066, AX94511022	*	ns	ns	**	ns	**	ns	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B28-Hap5	4B	612,2	613,2	6	Aumenta	GG-G	AX94617210, AX94652395, AX94783372, AX94750774	*	**	*	*	*	*	*	*	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B36-Hap2	4B	650,7	650,7	57	Disminuye	TGT	AX94484839, AX95096924, AX94521391	**	*	*	*	ns	*	**	**	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B16-Hap4	5A	33	33,2	5	Aumenta	CCC	AX94653931, AX94556600, AX94635713	*	*	*	*	*	**	**	ns	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B33-Hap4	5A	445,2	445,2	7	Disminuye	GC	AX95632187, AX94682497	ns	***	*	ns	ns	*	ns	ns	ns	*	*	FE	Basile et al., 2019
AP	B54-Hap3	5A	516,1	527,9	5	Aumenta	CACTGAAG	AX94397871, AX94509108, AX94908260, AX94415346, AX94606396, AX94462177, AX95629459, AX94651425	ns	*	*	**	**	***	ns	ns	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B82-Hap2	5A	611,6	613,5	10	Aumenta	CACC	AX94413482, AX94423469, AX94437035, AX94747224	*	ns	*	ns	ns	*	***	ns	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	B26-Hap2	5B	430,7	430,7	17	Aumenta	CG	AX94432329, AX94784692	**	*	ns	*	*	*	*	ns	ns	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX94550178	5B	455,7	-	46	Aumenta	G	AX94550178	ns	ns	***	*	*	*	ns	ns	*	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B92-Hap4	5B	683,5	684	5	Aumenta	C-	AX94861020, AX94597114	*	ns	*	*	ns	**	*	*	*	ns	**	_	Basile et al., 2019
AP	B2-Hap5	6A	0,6	0,8	5	Aumenta	-C	AX95630434, AX94746756	*	ns	**	**	*	ns	ns	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B4-Hap2	6A	2,2	2,7	26	Aumenta	CGCC	AX94786709, AX95630503, AX95209203, AX95148675	*	ns	*	*	**	ns	*	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B4-Hap3	6A	2,2	2,7	17	Disminuye	CATC	AX94786709, AX95630503, AX95209203, AX95148675	**	*	*	ns	*	ns	*	ns	*	**	*	_	Basile et al., 2019
AP	B16-Hap1	6A	48,6	49,8	57	Aumenta	CCC	AX94889521, AX95233516, AX94739464	ns	ns	ns	*	ns	*	*	ns	**	*	**	_	Basile et al., 2019
AP	B17-Hap3	6A	50,3	51,4	33	Disminuye	CCA	AX94472732, AX95184774, AX94579590	ns	*	*	*	ns	**	ns	*	*	**	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B54-Hap5	6A	610	610,2	6	Aumenta	-G	AX94900530, AX95188728, AX94554119	ns	ns	*	*	ns	***	ns	**	ns	ns	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B7-Hap2	6B	19,8	20,7	82	Disminuye	CAC	AX94606720, AX95152971, AX94679404	**	***	**	*	ns	*	***	*	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B20-Hap4	6B	124,4	126,1	6	Aumenta	CCC	AX94725996, AX95154560, AX95069655	*	ns	ns	ns	ns	**	*	*	ns	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B25-Hap4	6B	151,4	156,4	25	Disminuye	TCATAGGCCTTGAGTTC	AX94476270, AX94489861, AX94594212, AX94592155, AX95228304, AX94746774, AX95251482, AX95224228, AX94436738, AX94925666, AX94723474, AX95257540, AX95254919, AX94814333, AX95150132, AX94933359, AX94606831	*	**	*	*	**	ns	ns	ns	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B26-Hap3	6B	157,6	157,8	11	Disminuye	ACG	AX95231652, AX94976370, AX94918690	*	***	ns	*	ns	*	*	*	ns	*	***	HD	Basile et al., 2019
AP	B31-Hap2	6B	195,3	197,8	5	Aumenta	-G	AX94507593, AX94510067	*	ns	**	**	*	**	ns	ns	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX94943227	6B	234,8	-	17	Aumenta	C	AX94943227	**	***	**	*	*	*	***	*	*	*	*	_	Basile et al., 2019
AP	B47-Hap3	6B	480,4	491,6	24	Disminuye	GGTCGTTGCCAGC	AX94485266, AX94999452, AX94504202, AX94501866, AX94417160, AX94459292, AX94596473, AX94878625, AX94647376, AX94523508, AX94690961, AX94916954, AX95197645	ns	ns	ns	*	**	ns	ns	ns	*	ns	*	_	Basile et al., 2019
AP	AX94476474	7A	561,6	-	14	Aumenta	T	AX94476474	**	*	*	ns	ns	ns	ns	**	*	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B14-Hap4	7B	59,6	61,6	22	Disminuye	ATAC	AX94590671, AX94587603, AX94758128, AX95222995	***	ns	ns	ns	*	ns	*	ns	ns	*	ns	_	Basile et al., 2019
AP	B76-Hap3	7B	743,5	743,6	10	Disminuye	CA	AX94593529, AX94770939	**	***	*	*	ns	*	ns	*	**	**	*	_	Basile et al., 2019

En la tabla solo se presentan los SNP que pasaron los criterios de selección en GWAS. ns = no significativo, * P <0.05, ** P <0.001, *** P <0.0001, “–” = no disponible.

Referencias

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François O. (2016). Running structure-like population genetic analyses with R. http://membres-timc.imag.fr/Olivier.Francois/tutoRstructure.pdf
Lipka, A. E., Tian, F., Wang, Q., Peiffer, J., Li, M., Bradbury, P. J., Gore, M. A., Buckler, E. S., & Zhang, Z. (2012). GAPIT: genome association and prediction integrated tool. Bioinformatics, 28(18), 2397–2399. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts444
‌Vanzetti, L. S., Yerkovich, N., Chialvo, E., Lombardo, L., Vaschetto, L., & Helguera, M. (2013). Genetic structure of Argentinean hexaploid wheat germplasm. Genetics and Molecular Biology, 36(3), 391–399. https://doi.org/10.1590/s1415-47572013000300014
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MAPEO GENÉTICO

MA 102 VARIEDADES ARGENTINAS

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