MARCADORES
ELF3-D1
Zikhali et al. (2016) demostraron que una deleción que incluye al gen TaELF-D1 es responsable del locus para precocidad intrínseca Eps-D1 y describieron herramientas moleculares para su utilización. El alelo ELF3-D1b con la presencia de la deleción acelera la floración, aunque su efecto depende de su interacción con otros genes (ej. Ppd) y la temperatura (Ochagavía et al. 2019).
La secuencia Xbarc62 está en el 3′ UTR del gen TaELF3-D1 y la repetición ATCT SSR detectada por Xbarc62 se encuentra a 254 pb distal del codón de stop de TaELF3-D1. Los cebadores, no son específicos de 1DL como lo demuestra la producción de dos amplicones de PCR (129 y 118 bases). El alelo ELF3-D1a (funcional).
Figura 1. Posición del SSR de Xbarc62 254 pb corriente abajo del codón stop en el UTR 3′ de Chinese Spring, tomado de Zikhali et al., 2016.
Los productos de PCR son visualizados en geles de acrilamida al 3% corridos en buffer TBE y teñidos con bromuro de etidio. La punta de flecha verde marca el fragmento de ADN de 129 pb perteneciente al alelo alto ELF3-D1a sin la deleción (calles 1, 4, 5, 6, 7, 9, 12, 13, 14, 17 y 18). La punta de flecha celeste marca la ausencia del fragmento de 129 pb perteneciente ELF3-D1b que presenta la deleción completa del gen ELF3-D1 (calles 2, 3, 8, 10, 15 y 16).
Primers:
XBarc62F 5′ TTG CCT GAGA CAT ACA TAC ACC TAA 3′
XBarc62R 5′ GCC AGA ACA GAA TGA GTG CT 3′
Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:
1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl2: 1.5 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl
Programa de PCR
Desnaturalización: 94 °C, 5 min; 40 ciclos de 94 °C 15 seg, 52 °C 15 seg, 72 °C 30 seg. Finalización con un paso de extensión: 72 °C 5 min.
Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.
a = sin deleción (tardío); b = con deleción (precoz).
Aclaración: Los datos de la caracterización molecular aquí mostrados pueden contener variaciones según el origen de las semillas utilizadas, se recomienda utilizarlos de manera orientativa.
Referencias
- Ochagavía, H., Prieto, P., Zikhali, M., Griffiths, S., & Slafer, G. A. (2019). Earliness Per Se by Temperature Interaction on Wheat Development. Scientific Reports, 9(1). https://doi.org/10.1038/s41598-019-39201-6
Zikhali, M., Wingen, L. U., & Griffiths, S. (2015). Delimitation of the Earliness per se D1(Eps-D1) flowering gene to a subtelomeric chromosomal deletion in bread wheat (Triticum aestivum). Journal of Experimental Botany, 67(1), 287–299. https://doi.org/10.1093/jxb/erv458