MARCADORES
Ppd-A1
Este marcador permite diferenciar las variantes alélicas sensible e insensible provenientes de mutaciones detectadas en la región del promotor del gen Ppd-A1 (Wilhelm et al., 2009).
En dicho trabajo se detectaron dos variantes alélicas insensibles, una presente en la línea de trigo candeal GS-100 definida por una deleción de 1.027 pb y la otra detectada en la línea GS-105 portadora de una deleción de 1.117 pb. Utilizando estos marcadores Bentley et al. (2011) caracterizaron germoplasma de trigo tetraploide, hexaploide y sintético donde observaron que las mutaciones insensibles previamente descritas se encuentran asociadas a los grupos de trigo candeal y sintético. Similar a lo observado por Bentley et al. (2011), Gomez et al. (2014) solo detectaron variantes alélicas sensibles en el germoplasma argentino de trigo pan.
Los productos de PCR son visualizados en geles de agarosa al 2% teñidos con bromuro de etidio. La punta de flecha verde indica el fragmento de ADN de 290 pb perteneciente al alelo insensible Ppd-A1a (GS-105) (calle 7). La punta de flecha azul indica el fragmento de ADN de 380 pb perteneciente al alelo insensible Ppd-A1a (GS-100) (calle 6). La punta de flecha amarilla (calles 1 a 5) indica el fragmento de 452 pb perteneciente al alelo sensible Ppd-A1.
Primers
Marcador para detectar la presencia de la variante alelica Ppd-A1a descripta en la línea GS-100 de trigo candeal
Deleción de 1.027 pb
durum_Ag5del_F1 5’ GTA TGC GAT TCG CCT GAA GT 3’
durum_Ag5del_F2 5’ CGT CAC CCA TGC ACT CTG TT 3’
durum_Ag5del_R1 5’ GAG CAA GGG ATT GAG ACT GC 3’
Marcador para detectar la presencia de la variante alelica Ppd-A1a descripta en la línea GS-105 de trigo candeal. Esta combinación de primers también detecta la deleción descripta arriba en GS-100
Deleción 1.117 pb
durum_Ag5del_F1 5’ GTA TGC GAT TCG CCT GAA GT 3’
durum_Ag5del_F2 5’ CGT CAC CCA TGC ACT CTG TT 3’
durum_Ag5del_R2 5’ CTG GCT CCA AGA GGA AAC AC 3’
Concentración final de productos utilizados en las reacciones de PCR:
1X Taq buffer (libre de Mg); dNTP: 200 µM c/u; MgCl2: 3.0 mM; primers: 0.2 µM c/u; Taq: 1 U; ADN genómico: 50-100 ng/reacción; Volumen final: 25 µl
Programa de PCR:
Desnaturalización: 95 °C, 2 min; Amplificación (40 ciclos); 95 °C 20 seg, 55 °C 20 seg, 72 °C 40 seg; Extensión: 72 °C 5 min
Caracterización de la Variabilidad Genética presente en Variedades Argentinas de Trigo.
*Al momento no se observó variabilidad en el germoplasma local, o bien no hay variedades comerciales que posean el gen descrito.
Referencias
- Bentley, A. R., Turner, A. S., Gosman, N., Leigh, F. J., Maccaferri, M., Dreisigacker, S., Greenland, A., & Laurie, D. A. (2011). Frequency of photoperiod-insensitive Ppd-A1a alleles in tetraploid, hexaploid and synthetic hexaploid wheat germplasm. Plant Breeding, 130(1), 10–15. https://doi.org/10.1111/j.1439-0523.2010.01802.x
- Gomez, D., Vanzetti, L., Helguera, M., Lombardo, L., Fraschina, J., & Miralles, D. J. (2014). Effect of Vrn-1, Ppd-1 genes and earliness per se on heading time in Argentinean bread wheat cultivars. Field Crops Research, 158, 73–81. https://doi.org/10.1016/j.fcr.2013.12.023
Wilhelm, E. P., Turner, A. S., & Laurie, D. A. (2008). Photoperiod insensitive Ppd-A1a mutations in tetraploid wheat (Triticum durum Desf.). Theoretical and Applied Genetics, 118(2), 285–294. https://doi.org/10.1007/s00122-008-0898-9